Sejak tahun 2002, pemerintah pusat mengalokasikan anggaran dana otonomi khusus (otsus) Papua, sementara porvinsi Aceh mendapatkan sejak tahun 2008.
Dalam UU Nomor 15 Tahun 2017 tentang Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara Tahun Anggaran 2018, pemerintah mengalokasikan anggaran dana otsus sebesar Rp20,06 triliun untuk 3 provinsi (Papua, Papua Barat, dan Aceh).
Provinsi Aceh akan mendapatkan gelontoran dana otsus sebesar Rp8,03 triliun. Papua Rp5,62 triliun, sedangkan Papua Barat mendapatkan Rp2,41 triliun.
Dalam rangka otsus Papua dan Papua Barat akan mendapatkan dana tambahan infrastruktur. Papua mendapatkan dana sebesar Rp2,4 triliun dan Papua Barat Rp1,6 triliun.
Dana otsus tersebut digunakan untuk membiayai pembangunan dan pemeliharaan infrastruktur, pemberdayaan ekonomi rakyat, pengentasan kemiskinan, serta pendanaan pendidikan, sosial, dan kesehatan.